Selain daripada perlindungan hutan daripada pencerobohan, aktiviti perlindungan hutan juga merangkumi perlindungan hutan, daripada fenomena bencana alam semulajadi terutamanya kebakaran hutan. Kebakaran berlaku disebabkan oleh keadaan cuaca yang tidak menentu menyebabkan kesan yang negatif terhadap sumber hutan. Kebakaran hutan menyebabkan kerosakan yang lebih serius kepada hutan berbanding dengan kerosakan daripada aktiviti pembalakan. Kajian-kajian mendapati kawasan yang pernah dibalak adalah lebih mudah terbakar. Disebabkan 80% daripada kawasan hutan simpan di Sabah pernah dibalak maka kawasan hutan di Sabah mempunyai potensi yang tinggi untuk mengalami kebakaran.

Jabatan Perhutanan Sabah telah melaksanakan satu program pengurusan kebakaran hutan. Program ini merangkumi:

• Pencegahan Kebakaran
• Sistem Pengesanan Kebakaran
• Persediaan Kebakaran
• Pengawalan dan pengurangan kebakaran